В каком суде, в какое время я могу обжаловать выдачу справки?

Если по вам (после прохождения ПК в октябре 2014 (насколько я понял) не было принято решение ПК "не прошёл военную службу по призыву, не имея на то законных оснований", то можете обжаловать это решение в течении 3 месяцев в ПК субъекта РФ или в суд. Аналогично по документу воинского учёта тоже, если дадут "не тот документ воинского учёта", право на который вы считаете вы имеете. Если прошло более 3 месяцев и вы не обжаловали ничего, то суд может отклонить ваш иск по этой причине, и решение останется в силе, даже несмотря на то, что оно нарушило ваши права и вы об этом не знали.